Coronavirus : les tests PCR “pourraient détecter un virus mort”

Traduction de l’article de la BBC.

Le principal test (PCR) utilisé pour diagnostiquer les coronavirus est si sensible qu’il pourrait détecter des fragments de virus morts provenant d’anciennes infections, selon les scientifiques.

La plupart des gens ne sont infectieux que pendant une semaine environ, mais pourraient être testés positifs des semaines plus tard. Les chercheurs affirment que cela pourrait conduire à une surestimation de l’ampleur actuelle de la pandémie. Mais certains experts affirment qu’il n’est pas certain qu’il soit possible de produire un test fiable qui ne risque pas de faire disparaître des cas.

◆ La détection d’anciennes traces de virus

Le professeur Carl Heneghan, l’un des auteurs de l’étude, a déclaré qu’au lieu de donner un résultat “oui/non” en fonction de la détection d’un virus, les tests PCR devraient avoir un point limite de sorte que de très petites quantités de virus ne déclenchent pas un résultat positif. Il pense que la détection de traces d’anciens virus pourrait expliquer en partie pourquoi le nombre de cas augmente alors que les admissions à l’hôpital restent stables. Le Centre de médecine factuelle de l’Université d’Oxford a examiné les résultats de 25 études dans lesquelles des échantillons de virus provenant de tests positifs ont été mis dans une boîte de pétri pour voir s’ils allaient se développer. Cette méthode de “culture virale” peut indiquer si le test positif a détecté un virus actif qui peut se reproduire et se propager, ou simplement des fragments de virus morts qui ne se développeront pas en laboratoire ou chez une personne. C’est un problème que nous connaissons depuis le début – et qui illustre une fois de plus pourquoi les données sur Covid sont loin d’être parfaites.

Quelle différence cela fait-il ? Lorsque le virus est apparu pour la première fois, probablement très peu, mais plus la pandémie se prolonge, plus l’effet est important. L’abondance d’informations sur les tests et le nombre R crée la confusion. Mais quelle que soit la façon dont on le réduit, il n’en reste pas moins que les niveaux d’infection sont très faibles au Royaume-Uni dans l’ensemble, inférieurs à ceux d’un certain nombre d’autres pays européens. En cas d’épidémies locales, le système semble, dans l’ensemble, avoir réussi à les endiguer. Et ce, après l’ouverture de la société au cours de l’été.

Bien sûr, la grande question est de savoir ce qui se passera ensuite, avec le retour des écoles et l’hiver qui approche. La communauté de la santé publique a de plus en plus le sentiment que le Royaume-Uni est en position de force – et il faut certainement éviter un retour aux niveaux élevés d’infection observés au printemps. Mais il y a aussi une extrême prudence et un désir compréhensible de ne pas se laisser aller à la complaisance.

◆ Comment le Covid est-il diagnostiqué ?

Le test PCR par écouvillonnage – la méthode de diagnostic standard – utilise des produits chimiques pour amplifier le matériel génétique du virus afin qu’il puisse être étudié. Votre échantillon de test doit passer par un certain nombre de “cycles” en laboratoire avant qu’une quantité suffisante de virus ne soit récupérée. Le nombre de cycles peut indiquer la quantité de virus présente, qu’il s’agisse de minuscules fragments ou de lots de virus entiers. Il semble que cela soit lié à la probabilité que le virus soit infectieux – les tests qui doivent passer par plusieurs cycles ont moins de chances de se reproduire lorsqu’ils sont cultivés en laboratoire.

◆ Risque de faux positif

Lorsque vous passez un test PCR de dépistage des coronavirus, vous obtenez une réponse “oui” ou “non”. Il n’y a aucune indication de la quantité de virus présente dans l’échantillon, ni de la probabilité qu’il s’agisse d’une infection active. Une personne ayant excrété une grande quantité de virus actif et une personne ayant des fragments résiduels d’une infection déjà éliminée recevraient le même résultat – positif – au test. Le professeur Heneghan, l’universitaire qui a repéré une bizarrerie dans la façon dont les décès étaient enregistrés, ce qui a conduit la Santé publique anglaise à réformer son système, dit que les preuves suggèrent que l’infectivité des coronavirus “semble diminuer après environ une semaine”. Il ajoute que s’il n’est pas possible de vérifier chaque test pour voir s’il y a un virus actif, la probabilité de résultats faussement positifs pourrait être réduite si les scientifiques pouvaient déterminer où se situe le point limite.

Cela pourrait éviter que des personnes reçoivent un résultat positif sur la base d’une ancienne infection. Et le professeur Heneghan a déclaré que cela permettrait d’éviter que les gens soient mis en quarantaine ou que leurs contacts soient tracés inutilement, et de mieux comprendre l’ampleur actuelle de la pandémie.

La santé publique anglaise a reconnu que les cultures virales étaient un moyen utile d’évaluer les résultats des tests de coronavirus et a déclaré qu’elle avait récemment entrepris des analyses dans ce sens. Elle a indiqué qu’elle travaillait avec les laboratoires pour réduire le risque de faux positifs, notamment en examinant où le “seuil de cycle”, ou point de coupure, devrait être fixé.

Mais il a ajouté que de nombreux kits de test différents étaient utilisés, avec des seuils et des modes de lecture différents, ce qui rendait difficile la définition d’une série de seuils. Mais le professeur Ben Neuman, de l’université de Reading, a déclaré que la culture de virus à partir d’un échantillon de patient n’était pas “triviale”.

“Cette étude risque de mettre en corrélation la difficulté à cultiver le Sars-CoV-2 à partir d’un échantillon de patient avec la probabilité de propagation”, a-t-il déclaré. Le professeur Francesco Venturelli, un épidémiologiste de la région italienne d’Emilie-Romagne, qui a été durement touchée par le virus en mars, a déclaré qu’il n’y avait “pas assez de certitude” sur la durée pendant laquelle le virus reste infectieux pendant la période de récupération.

Certaines études basées sur des cultures virales ont rapporté qu’environ 10% des patients avaient encore un virus viable après huit jours, a-t-il dit.

En Italie, qui a connu son pic plus tôt qu’au Royaume-Uni, “pendant plusieurs semaines, nous avons surestimé les cas” en raison des personnes qui ont contracté l’infection plusieurs semaines avant d’être identifiées comme positives. Mais, à mesure que l’on s’éloigne du pic, ce phénomène s’atténue. Le professeur Peter Openshaw, de l’Imperial College de Londres, a déclaré que la PCR était une “méthode très sensible de détection du matériel génétique viral résiduel”. “Ce n’est pas une preuve d’infectiosité”, a-t-il déclaré. Mais le consensus clinique était que les patients étaient “très peu susceptibles d’être infectieux au-delà du 10e jour de la maladie”.

Source : https://www.bbc.com/news/health-54000629?

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